Церковь Феодора Стратилата – единственный древний храм, который сохранился до наших дней в Неревском конце Новгорода в пределах земляного вала. В древности мимо церкви проходила Щиркова улица. Возможно, что именно об основании храма-предшественника нынешней церкви и его заказчике, неком Воигосте, кратко сообщает Новгородская Первая летопись под 1115 г. В конце XIII в. храм был отстроен заново,уже в то время он был посвящен св. Феодору Стратилату. Существующее здание относится в основном к середине XVI в. – это двухэтажный пятиглавый храм. После шведской оккупации (1611–1617) церковь долгое время стояла в запустении. Только во второй половине XVII в.Софийская сторона начинает возрождаться. Храм вмч. Феодора Стратилата стал приходским для поселившихся в Неревском конце стрельцов. В 1804 г. при митрополите Гаврииле из Софийского собора в Феодоровский храм была перенесена частица мощей святого великомученика Феодора Стратилата. В том же году с запада к церкви была пристроена четырехъярусная колокольня.В 1930-е гг. церковь была закрыта, а часть церковных ценностей была передана для продажи за валюту акционерному обществу «Интурист». Неизвестна судьба икон Феодоровской церкви. В 1937 г. в числе приговоренных к расстрелу священнослужителей был и священник церкви Феодора Стратилата Димитрий Семенов.Во время Великой Отечественной войны храм Феодора Стратилата пострадал незначительно, в послевоенные годы он использовался как склад. В 1955 г. группа верующих из 26 человек сделала попытку убедить власти в необходимости открытия для богослужения церкви Феодора Стратилата на Софийской стороне (в это время действующим был единственный Николо-Дворищенский собор на Торговой стороне). Через митрополита Ленинградского и Новгородского Григория (с 1933 по 1956 г. епархия находилась в составе Ленинградской митрополии) верующие обратились к патриарху Алексию (Симанскому) и гражданским властям с просьбой о передаче в их пользование храма. Однако решением Новгородского облисполкома в просьбе было отказано.
Только в 1991 – 2002 гг. были проведены реставрационные и работы, затянувшиеся более чем на 10 лет по разным причинам:два пожара, перебои с финансированием, смена заказчиков и научных руководителей реставрации. Храму был возвращен обликXVI–XVII вв. Самая ранняя живопись, сохранившаяся в храме, относится к последней четверти XVIII в. В центральном барабане под слоями побелок и красок раскрыты изображения восьми архангелов: Михаила, Гавриила, Рафаила, Иегудиила, Уриила, Салафиила, Варахиила, Иеремиила. Восстановленная на средства государства, церковь Феодора Стратилата стала единственным в 2002 г. историческим зданием, переданным верующим. Торжественное освящение храма архиепископ Лев совершил 19 декабря в день памяти свт. Николая. Находящаяся в храме икона этого святого особо почитаема верующими. Воскресные и праздничные богослужения в храме идут с сурдопереводом.
При церкви открыта воскресная школа, организована молодежная театральная студия «Стратилат».